由于囊肿可继发感染，故应争取手术治疗，以往多行囊肿切除手术，常有出血可能，如囊壁延伸至尿道附近，则手术操作困难，或不能取净囊壁，又有反复可能。严重疤痕者可致性交困难，故现在切除术仅应用于疑恶性病变者。囊肿造术(袋状缝合)经多年实践，确实方法简便、安全并发症少，反复率低，且可保持腺体功能。亦可应用于前庭大腺脓肿。手术方法还有CO2激光或微波作囊肿造口术。(指导阅读：前庭大腺囊肿的症状)